Приборная база

Секвенатор GS Junior компании Roche

Секвенатор  GS Juniorпредназначен для решения задач геномики, транскриптомики, метагеномики и в клинической практике, где необходимы точные данные о последовательности ДНК или РНК возможно применение методов геномного секвенирования нового поколения (NGS).

Система GS Junior разработана на основе технологии пирофосфатного секвенирования 454 Life Sciences. Этот компактный геномный секвенатор является уникальной автоматической системой для параллельного анализа более ста тысяч фрагментов, при средней длине анализируемого фрагмента в 400 нуклеотидов.

Области применения:
- прямое, клональное секвенирование ампликонов (ПЦР-продуктов)
- таргетное ресеквенирование интересующих областей человеческого генома
- de novo секвенирование микробных и вирусных геномов
- исследование метагеномов сложных образцов из окружающей среды
- детекция патогенов
- сверхглубокое секвенирование ампликонов с целью поиска редких соматических мутаций
- обнаружение минорных вариаций ВИЧ, вирусных гепатитов, гаплотипирование,
- HLA-типирование

Технические характеристики

Производительность

> 35 миллионов высококачественных,
отфильтрованных нуклеотидов за
один запуск*

Время запуска

10 часов – секвенирование
2 часа – обработка данных

Длина отдельных
прочтений

Модальная длина = 500 нуклеотидов
Средняя длина = 400 нуклеотидов*

Точность

Длина прочтений Q20 = 400 нуклеотидов
(точность 99% для 400 нуклеотидов)

Количество прочтений
за один запуск
прибора

100 000 прочтений (в среднем)*

Образец

Геномная ДНК, ампликоны, кДНК, BAC

Размеры

40 см (ширина) x 60 см (глубина)
x 40 см (высота)
(размер лазерного принтера)

Компьютер

Операционная система Linux в
компьютре HP входит в систему
Интуитивное программное
обеспечение

Операционная система

Linux в компьютере HP входят в систему.